Действия модификации происходят спустя несколько часов после того, как Цитадель была уничтожена Гордоном Фриманом. Вы примеряете на себя роль обычного повстанца, которому необходимо добыть некую информацию о супер портале для помощи в строительстве ракет доктора Магнуссона.